Produse

Am raportat recent că nucleotida pirenică este introdusă de preferință în fața unui situs abazic, a 3’-T al unui dimer de timină și a celor mai multe baze nedeteriorate de către ADN polimeraza eta (pol eta) de drojdie.Deoarece pirenul este o moleculă nepolară fără capacitate de legare H, eficiența neobișnuit de ridicată a inserției dPMP este atribuită capacității sale superioare de stivuire a bazelor și subliniază importanța stivuirii bazelor în selecția nucleotidelor prin pol eta.Pentru a investiga rolul legăturii H și al geometriei perechilor de baze în selecția nucleotidelor prin pol eta, am determinat eficiența de inserție a nucleotidelor modificate în bază 2,6-diaminopurină, 2-aminopurină, 6-cloropurină și inozină care ar faceți un număr diferit de legături H cu baza șablonului în funcție de geometria perechii de baze.Împerecherea bazelor Watson-Crick pare să joace un rol important în selecția analogilor de nucleotide pentru inserție opusă C și T, așa cum este evidențiată de scăderea eficienței relative de inserție cu o scădere a numărului de legături H Watson-Crick și o creștere a numărul de interacțiuni donor-donator și acceptor-acceptor.Selectivitatea inserției nucleotidelor este mai mare față de 5'-T decât 3'-T al dimerului de timină, în conformitate cu lucrările anterioare care sugerează că 5'-T este ținut mai rigid decât 3'-T.Mai mult, inserarea lui A opus ambelor T-uri ale dimerului pare să fie mediată de împerecherea bazelor Watson-Crick și nu de împerecherea bazelor Hoogsteen bazată pe eficiența de inserție aproape identică a lui A și 7-deaza-A, din urmă din urmă lipsită de H- capacitatea de lipire la N7.Eficiențele relative pentru inserarea nucleotidelor care pot forma perechi de baze Watson-Crick sunt paralele cu cele ale fragmentului Klenow, în timp ce fragmentul Klenow discriminează mai puternic nepotrivirile, în conformitate cu selectivitatea sa mai mare a formei.Aceste rezultate subliniază importanța legăturii H și a geometriei perechii de baze Watson-Crick în selecția nucleotidelor atât de către pol eta, cât și de fragmentul Klen ow, precum și rolul mai mic al selecției formei în inserția prin pol eta datorită mai deschis și mai puțin. site activ constrâns.