Produse

Analiza evenimentelor de fosforilare la nivelul proteomului este încă o provocare analitică majoră din cauza complexității enorme a rețelelor de fosforilare a proteinelor.În această lucrare, evaluăm complementaritatea Lys-N, Lys-C și tripsină în ceea ce privește capacitatea lor de a contribui la analiza globală a fosfoproteomului.O versiune rafinată a schimbului de cationi puternic cu pH scăzut a fost utilizată pentru a separa eficient peptidele N-terminal acetilate, fosforilate și nemodificate.Un total de 5036 de fosfopeptide neredundante au putut fi identificate cu o rată de descoperire falsă de <1% din 1 mg de proteină folosind o combinație a celor trei enzime.Datele noastre au arătat că suprapunerea între seturile de date fosfopeptidice generate cu diferite proteaze a fost marginală, în timp ce suprapunerea între două seturi de date triptice generate în mod similar s-a dovedit a fi de cel puțin 4 ori mai mare.În acest fel, utilizarea paralelă a Lys-N și tripsină a permis o creștere cu 72% a numărului de fosfopeptide detectate în comparație cu tripsina singură, în timp ce un experiment de replicare a tripsinei a condus doar la o creștere cu 25%.Astfel, când ne-am concentrat exclusiv pe datele despre tripsină și Lys-N, am identificat 4671 de fosfopeptide neredundante.O analiză ulterioară a situsurilor detectate a arătat că seturile de date Lys-N și tripsină au fost îmbogățite în motive de fosforilare semnificativ diferite, evidențiind în continuare că abordările cu multiprotează sunt foarte valoroase în analizele fosfoproteome.